游戏开始时，NEO处于一个虚拟空间，敌人会不停地出现。这个阶段实际上是让玩家熟悉操作，只有当你被打败后，游戏才正式开始。（注意：此时电脑会根据玩家的表现评估适合的游戏难度。）

第一关

和电影的情节一样，第一关讲述特工抓捕NEO的故事。这一关类似于MGS的潜入关卡，不需要击杀敌人。根据游戏中的提示（画面上会有闪光的地方）前进，进入一个办公室，通过窗户来到外面，乘坐升降机上楼。当升降机停下后，会触发一段小剧情。剧情结束后，出现一个警察，把他推下楼，然后沿着墙边继续走，小心不要掉下去。继续乘升降机到楼顶，会遇到很多警察，把他们推倒，然后迅速进入门内。大家需要注意，一旦被警察抓住，立即按键挣脱，动作慢了就会GAMEOVER。进入门后，沿楼梯一直往下走，到达一个房间，这里有3个警察，小心不要被抓住，从房间右边的紧急出口向下跑，来到NEO的办公室，继续跟随提示跑到终点，第一关结束。

PS：这一关设计得相对人性化，对于不擅长潜入类型的玩家，被抓一次后可以直接跳过此关。

第二关

从这一关开始，接下来的几关都讲述NEO如何学习武功。虽然在电影里NEO只是翻了几下白眼就说（I KNOW GONGFU），但在游戏中，制作者将NEO学习功夫的过程以关卡的形式详细呈现给大家。这一关开始时，NEO以DOA中"李剑"的装扮华丽登场，连打人的动作都很相似。根据游戏的教学提示一路击杀敌人，没有分支，一直打到最后就是BOSS战。

BOSS战：非常简单，绕到后面，发动FORCE，三招就能解决，不过要小心不要被抓住。解决他后，这一关结束。

PS：从这一关开始，每关开始前都会让玩家选择FORCE，选择时可以按X键查看这个FORCE的功能和发动方法，并配有动画演示。

第三关

这一关是教玩家如何使用格斗武器，玩家一开始就有一把日本刀，并且会得到新的FORCE。根据教学提示，消灭这一关的敌人即可。

第4关

一开始就迎接BOSS战，BOSS是一个日本武士，擅长刀法。多运用刚学会的FORCE技能，战斗一会儿后，催尼缔会来协助。BOSS会使用影分身术，但分身不强，两人合作可轻松解决。然后进入下半部分，起初是在一个庭院，要冲过去击败几个敌人后进入房间，房间里有BOSS，但暂时无法杀掉他。跟随他前进，路上他会放置火墙，使用FORCE并按X键可跳过。沿途有小兵骚扰，全部消灭后，进入最深处的房间迎战BOSS。这次的BOSS是个BC，没有特定打法，大家可以随意处置他。

第5关

这关非常搞笑，场景设在一个中国的小酒馆里，任务是在限定时间内尽量获得高分。紧接着EG开始，一群斧头帮成员从门外冲进来（形象与某电影中相似），还喊着"我要宰了你"（绝对中文发音）。拿起旁边的斧头，与他们对砍，只需坚持到时间结束即可过关。注意后面会出现投掷飞斧的敌人，要小心应对。

第6关

这一关也是教学关，但只能使用射击武器。场景仍然在中国，BOSS一开始就出现，但暂时无法击杀。跟随他在整栋楼内跑几次，最终到达顶楼才能消灭他。本关的敌人都持有枪械且火力强大，多使用FORCE来躲避子弹。对付BOSS时，先清理掉周围的小兵，如果你的HP还剩下一半以上，就可以和BOSS硬拼。

第7关

终于来到电影中最精彩的情节之一：摩非斯对战NEO。摩非斯的攻击力很强，被他连续攻击不是闹着玩的。运用战术能快速解决他，第一次打败他后，他会再次恢复满血并与你再战，同时会给你新的FORCE。再次击败他后，进入下半部分，你需要比他先到达电话所在的位置。途中需要跳过几个坑，还要攀爬，使用FORCE加跳跃可以轻松通过。难点在最后的一面墙，这面墙很高，即使FORCE的两段条也不够，必须先贴着右边或左边跑，先跳到正面墙上，然后再跳到旁边的墙上，如此反复三次即可。

第8关

这关游戏才真正开始，摩非斯带NEO去见先知，返回途中遭遇包围。一开始NEO就与队友分开，获得新的FORCE可以摧毁有裂缝的墙。这关像迷宫一样，大家要多留意墙壁，看到裂缝就打破以开启新的路径。路上的敌人全是持枪警察，如何对付他们随玩家选择，个人推荐近身搏斗。

到达顶楼时，剧情展开：摩非斯为了让大家撤退而与特工对峙，NEO带领大家逃跑。途中击倒出现的警察后，根据催尼缔的指示安放C4炸弹并进行引爆。当NEO在第二根柱子上安放好炸弹时，突然与团队分开，这时千万不能引爆炸弹，否则会自取灭亡。等待同伴交代完事情后，剧情继续发展，一个无法被击毙的特工出现。即便将他打下台，他也不会死。尽量拖延时间，过一会同伴会炸开墙壁，然后立刻用FORCE跳过去。剧情结束后，沿路前进，消灭路上的敌人到达出口，本关结束。

第9关

又是经典剧情之一，尼欧和催尼缔前往营救摩非斯。起初在大厅中出现大量敌人，不过都是些小喽啰，各位可以尽情耍酷。总共会有三批敌人增援，第三批是四个小BOSS，不过都很容易对付。消灭敌人后即可进入下半部分，在楼顶进行战斗。特工会多次出现，普通攻击对他无效，必须将他打到高压电上或楼下才能杀死。同时，敌人会不断增援，且有时间限制，这一关难度较大。在消灭一定数量的敌人后，剧情触发，出现30秒倒计时。这时无需理会旁边的敌人，直奔直升机方向，跑到大楼边缘时迅速发动FORCE二段跳跳上飞机。

接下来是最困难的部分：在飞机上用机枪消灭房顶的敌人，战斗一会后敌人的飞机会出现，此时摩非斯的HP会开始报警。注意这时特工会出现，必须用FORCE射击才能打死特工，并且不能扫射，否则会误伤摩非斯。在摩非斯逃跑时，旁边还会有一个特工出现，需多加注意。击落敌机后，将楼内的敌人消灭，救出摩非斯后触发剧情。剧情结束后，NEO与SMITH对峙，注意他无法被打死，会无限恢复HP。必须像原作中那样将他打到地铁轨道上让地铁碾压才行。之后是逃跑，顺路一直向下走，走到指定地点本关结束。

第10关

本关开始于一个奇怪的地铁站，向前走时地铁会驶来，但需要车票。返回楼梯上会看到空中漂浮着许多闪光物体，按L2可以获得车票。上车后一直向车尾走，到第三节车厢时注意不要掉下去。在第四节车厢看到电话，这时需发动FORCE才能走过去。通过电话得知要找到正确的门才能离开。回到第二节车厢，墙上有个开关，按下去就能停车。这时需要调整，反复进入这个车厢，直到车厢是正的为止，然后听到列车员说话时立刻按下开关，就能找到正确的门。出去后又是一个地铁站，SIMITH和大量杂兵出现。这时不要专注战斗，看到火车驶来立即跳上去逃跑，因为杂兵是打不完的。下火车后上楼梯，之后又是一场大逃亡，千万不要恋战，顺路跑。只有一条路，因此不用担心迷路。跑到303房间后，剧情发生，NEO力量觉醒，然后开始痛击三个特工，完成后本关结束。

第11关

本关开始可以选择地图。地图共有五块，先到下面最左边的地图，任务是保护一个老人。从他家出来后，大批敌人来袭，不过幸运的是我方也有支援。快到火车站时会有一个特工出现，不过现在特工对我们来说已经是小菜一碟，尽情虐待他吧。将老人护送上火车后本关结束。

第12关

前往下面右边的地图，本关与上一关一样是保护任务，不过这次需要保护的是一位女士。没有什么特别之处，把路上的敌人清除后到达目的地即可通关。

第13关

这关同样需要保护，不过有些难度。被保护的人经常暴露在敌人视线中，因此生命值下降得很快。大家务必快速解决战斗。

第14关

这一关与其说是保护，不如说是并肩作战。清理门口的杂兵后触发剧情，一个特工被击飞出去。进去查看发现是中国人动的手（中国功夫果然厉害 - -!）。进入后要和他打一场，不过很容易获胜。打完后触发剧情，然后协同他清除杂兵和特工，顺利过关。

第15关

这是保护任务中最困难的一关。一开始需要追赶警察，接近顶楼时会出现30秒倒计时，如果在30秒内未到达顶楼，就要与一个特工大战300回合，胜利后即可过关。

第16关

为了节省版面，4个救人任务我合在一起写。首先是救一个老头（在左下角地图），老头被敌人包围，他要求你阻止敌人的增援。开始时先清理周围敌人，否则老头很快会被击倒。然后跳到敌人进入的门上方，找到一个支架，将其破坏即可堵住门。接着乘电梯前往吊车控制台，将老头送到右边的台子上。此时敌人会增援，其中一个持有火箭炮。坚持一段时间后触发剧情，然后返回控制吊车，摧毁火箭炮敌人的房间。消灭敌人后过关，接着到右下角地图救老摩和催尼缔，只需快速清理敌人，最后特工会驾驶飞机来袭，迅速用地上的火箭炮将飞机击落即可过关。

前往地图右上角，消灭路上的杂兵后继续前进，找到要救的黑人，帮助他清理敌人后继续向里走。再清除一批敌人后，3个特工会出现，他们不算强，好好招待他们。

最后到达左上角地图救奈奥比，起初只有几个杂兵，很容易对付，之后3个特工登场，击败他们后，他们会再次出现。将这里的敌人和特工全部击败后过关，注意敌人会多次增援。

第17关

对阵塞拉夫，这关非常有趣。起初在房间内战斗，击败他一次后，会进入传统中国武术的"梅花桩"对战。注意此时只能将他打下去才能对他造成伤害。接着，在电影院再次打败他后，剧情推进过关。电影院内的战斗尤其有意思。

第18关

最经典的战斗是NEO对战史密斯×N，没什么特别要说的，尽情发挥即可，坚持一定时间后就能过关。

第19关

首先进入第一道门，这关设计得相当复杂。我代表广大玩家对制作者表示不满，因为这关简直是在浪费时间。需要在四个空间中找到正确的门：第一个空间中正确的门靠左边的中间位置；第二个空间的门在入口后面；第三个空间的门要等一个女人帮你打开；第四个空间的门在一个高台上。注意，从第二个空间开始会有红色蚂蚁来干扰你，只有用火才能消灭它们，但它们似乎会无限增援，所以还是快跑吧。给大家一个小技巧，按方向键上寻找门会简单一些。

第二道门，这关没有难点，只是敌人相对强大。多使用武器即可通过，最后要打一个BOSS，这个BOSS会瞬间移动，但并不是很强。

第三道门，进入后直接进行BOSS战。虽然BOSS不算强，但关键是要保护一个女人，不能让她受伤。打到一定程度后，那位女士会来帮你，打败BOSS后即可过关。

第20关

需要保护一个拿钥匙的人，路上充满了史密斯的复制人，要好好保护MR KEY。走到终点后，进入下半部分。在一个教堂里，大量复制人会来攻击，要撑到MR KEY叫你离开为止。离开后进入一个会议大厅，和干才一样，持续战斗直到他撤退。本关至此结束。

到达第21关后

紧接着便是电影中的最后对决，NEO与史密斯展开单挑。这个对手其实并不强大，所以NEO轻松解决了他。接着，史密斯会变成一个"变形金刚"- -! 尽管他是最后的BOSS，但实际上不值一提。只需一直朝左飞，当屏幕上出现按X键的提示时按下X，重复几次后他就被打败了，接下来便是结局。

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